فناوری های نوین به عنوان فناوری های کلیدی و محور توسعه پایدار، از مهمترین دست آوردهای  انسان در عصر حاضر و راهگشای بسیاری از مشکلات بشری در هزاره سوم می باشند . امروزه موقعیت کشورها نسبت به یکدیگر در گرو امکانات بالقوه و توانایی آنها در حیطه علوم و فناوری های نوین است. با توجه به جایگاه و اهمیت فناوری های نوین در آینده کشور، در این راستا دانشکده فناوری های نوین دانشگاه اصفهان کار خود را با سه گروه آموزشی مهندسی هسته ای، زیست فناوری و مهندسی نانوفناوری در سال 1387 آغاز نمود. گروه های آموزشی مهندسی هسته ای و زیست فناوری از سال 1387 پذیرای دانشجوی مقطع کارشناسی ارشد گردیدند. گروه آموزشی مهندسی نانو فناوری نیز آموزش اولین دوره دانشجویان کارشناسی ارشد خود را از مهر ماه 1389 آغاز نمود.گروه آموزشی مهندسی انرژی نیز از پاییز 1390 در گرایش مهندسی انرژی های تجدید پذیر توانست دانشجو جذب نماید.همچنین گروه آموزشی مهندسی راهبرد دانش و فناوری در بهمن ماه 1391 با پذیرش دانشجویان کارشناسی ارشد در رشته مهندسی آینده پژوهی راه اندازی گردید. این در حالیست که در چشم انداز آینده دانشکده علوم وفناوریهای نوین گروه هایی مانند مهندسی سامانه های هوشمند و فناوریهای علوم زمین در دست راه اندازی می باشد.